Il 27 dicembre 1875 nasceva quella che oggi è una delle più grandi strutture assistenziali della Regione Lombardia. Fu l'imprenditore Felice Bizzozero che avviò la raccolta di offerte a favore della creazione di un Ricovero di mendicità che consentì l'apertura dell'istituto in un reparto dell'Ospedale. Il numero degli ospiti accolti accrebbe a tal punto che nel maggio 1886 si diede avvio alla costruzione di un apposito edificio nell'attuale via Rainoldi.

Nel 1915 la sede del Ricovero di Mendicità venne ceduta al Comune di Varese e contemporaneamente venne acquistato un altro fabbricato posto in territorio di Bizzozero, che, opportunamente sistemato, è l'attuale Sede di Viale Borri.

L'Istituzione, eretta Ente Morale nel 1876, con la riforma statutaria approvata con R.D. 19 maggio 1930 assunse la denominazione " Casa di Riposo ". Nel 1939 il Prefetto di Varese decretò in base al R.D. 10 giugno 1938 la nascita del Consiglio di Amministrazione e ne nominò il Presidente .

Negli anni ‘50 a seguito della cospicua donazione di Luisetta Tola, vedova di Luigi Tito Molina , veniva sistemata ed ampliata la sede dell'Ente che venne denominato "Casa di Riposo Paolo e Tito Fratelli Molina". Successive importanti donazioni consentirono di aggiungere ulteriori padiglioni fino a raggiungere l'attuale sistemazione. Tra le più significative: Perelli-Paradisi, Carcano, Caravatti, Bonazzola-Castelli, Buzio-Maccecchini.

Con una deliberazione consiliare del 1996, l 'Ente viene denominato con la nuova espressione "Istituto Geriatrico Fratelli Paolo e Tito Molina" più rispondente alla caratterizzazione assunta.

A seguito della Legge Regionale n.1/2003 l'Ente a partire dal 1/1/2004 si è trasformato in una Fondazione privata senza scopo di lucro.

Nel mese di maggio dello stesso anno, la fondazione ha assunto la qualificazione di organizzazione non lucrativa di utilità sociale (ONLUS) che ne costituisce peculiare segno distintivo.